虚拟敲除 + 机器学习 + 单细胞
10 节课 | 公共数据库 / 机器学习 / 单细胞 / 虚拟敲除
主要内容
- 公共数据库发文范式、差异分析、WGCNA 和功能富集分析
- PPI 网络、Random Forest、XGBoost 联合筛选核心基因
- 孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞细胞定位
- 使用 scTenifoldKnk 做虚拟敲除,形成“筛选—因果—单细胞—机制验证”的闭环
课程特点
这门课更偏文章复现与发文思路拆解,把机器学习筛基因、MR 因果验证、单细胞定位和虚拟敲除串成一条完整主线,适合想把公共数据库文章做得更完整的人。
虚拟细胞
20 讲 | 虚拟细胞 / AI 大模型 / 单细胞机制预测
主要内容
- 虚拟细胞基础模型、转录调控网络和 scRNA-seq 虚拟蛋白组
- 单基因与组合扰动预测、虚拟敲除、药物响应模拟和基因调控网络分析
- 空间微环境、多尺度虚拟细胞、形态学扰动预测和扰动动力学
- 评估与基准测试,系统理解不同虚拟细胞方法适合什么任务和数据
课程特点
围绕二十篇顶刊文章系统梳理虚拟细胞方向,从看懂模型到理解适用场景,再到迁移到自己的单细胞课题,重点在于把已有数据往更深层的机制预测上推进。
AI大模型基于病理切片预测空间蛋白
22 节课 | AI 大模型 / 病理切片 / 空间蛋白
主要内容
- 课前预热 4 节:Python 环境搭建、基础语法、数据结构和绘图可视化
- Nature Medicine 复现 10 节:H&E 与 CODEX 多模态配准、细胞核分割、表达矩阵构建、HEX 模型训练与推理
- CELL 复现 4 节:病理切片生成虚拟 mIF、多级精配准、GigaTIME 模型解析与最小训练验证
- TCGA 公共数据库 4 节:病理切片预处理、特征提取、生存预测和虚拟蛋白下游分析
课程特点
课程核心不是只看懂顶刊,而是把病理图像、空间蛋白、单细胞表达构建和 AI 大模型训练完整串起来,帮助学员理解从论文复现到自己搭建项目的整体逻辑。
AI 助力生信入门课程
20 节课 | AI + 生信入门
主要内容
- AI 辅助 CNS 文章阅读、课题设计和公共数据库挖掘
- R 语言基础、数据结构、差异分析、富集分析和常见作图
- 单细胞、拟时序、空间转录组、机器学习等内容入门
课程特点
适合作为总入门课,帮助学员先把科研思路、AI 工具和基础分析流程建立起来。
单细胞基础班
18 节课 | 单细胞入门
主要内容
- 单细胞数据下载、读取、质控、降维、聚类和注释
- 样本整合、差异分析、富集分析、轨迹分析和细胞通讯
- CNV、SCENIC 和 Nature 文章复现
课程特点
适合建立完整的单细胞分析框架,是后续进阶课的基础。
单细胞进阶班
27 节课 | 单细胞进阶
主要内容
- scATAC、scRNA + scATAC 联合分析、CITE-seq
- TCR/BCR、Bulk 联合分析、肿瘤进化和药敏预测
- CytoTRACE、scVelo、Beyondcell、SCEVAN 等专题
课程特点
更适合做高阶课题、肿瘤研究和多模态分析的学员。
单细胞 Python 班
28 节课 | Python 方向
主要内容
- Python 基础、Shell 基础和 Scanpy 常规流程
- 多样本整合、自动注释、富集分析、通讯分析和轨迹推断
- scVelo、CellOracle、CellRank、inferCNVpy 等高阶工具
课程特点
适合希望从 R 扩展到 Python,或未来继续做空间转录组分析的学员。
单细胞 + 孟德尔随机化课程
12 节课 | 公共数据库发文方向
主要内容
- 公共数据处理、差异分析、富集分析和 PPI 网络
- eQTL、GWAS、孟德尔随机化和敏感性分析
- 单细胞验证、轨迹分析、细胞通讯和文章叙事搭建
课程特点
适合面向论文发表,希望把“相关性分析”升级为“因果机制链”的学员。
Nature 文章复现课程
9 节课 | 空间转录组 / 文章复现
主要内容
- Xenium、Visium HD、MERFISH 等数据处理与质控
- 空间邻域分析、空间互作网络、CellChat 和细胞分割
- 围绕 Nature 文章 Fig.1 到 Fig.5 的完整复现思路
课程特点
更适合已经有一定单细胞基础、想进一步进入空间组学方向的学员。
机器学习分析多组学课程
综合课程 | 多组学 / 机器学习
主要内容
- 代谢组、蛋白组、宏基因组、16S 和转录组分析
- 随机森林、xgboost、lasso、弹性网络等机器学习方法
- 多组学联合分析、网络药理学和分子对接
课程特点
适合希望用机器学习和多组学联合分析提升课题深度的学员。
空间转录组最新课程
28 节课 | 空间转录组
主要内容
- Scanpy、Squidpy、Tangram、cell2location 等空间分析工具
- 空转与单细胞联合分析、生态位、共定位、轨迹和 CellChat
- Xenium、Visium HD 以及 R 和 Python 双路线分析
课程特点
适合作为空间转录组方向的专题课程查看,目前原始资料是课表文件。